در دهه‌های اخیر تخمین پارامترهای مدل حوضه آبریز به علت تعداد زیاد پارامترها و نداشتن درک فیزیکی کامل از آن‌ها، در مرحله تخمین پارامترها با مشکل مواجه شده است. از مهم‌ترین بخش‌های مدل‌سازی در هیدرولوژی، تجزیه و تحلیل عدم قطعیت پارامترها در مدل‌های هیدرولوژیکی و تشخیص ویژگی‌های خروجی مدل است. در این پژوهش جهت مدل‌سازی هیدرولوژیکی سیستم حوضه آبریز رودخانه شاپور، به بررسی واسنجی و تحلیل عدم قطعیت پارامترهای هیدرولوژیکی نرم‌افزار WEAP پرداخته شده است. واسنجی ابتدا توسط روش PEST و سپس توسط روش GLUE برای تحلیل عدم قطعیت پارامترها استفاده شد. نتایج مقدار معیار خطای ضریب راندمان نش ـ ساتکلیف در روش PEST برای زیرحوضه‌های حوضه آبریز شاپور را به‌طور میانگین 53/ نشان داده است. این مقدار نشان‌دهنده تخمین مناسب پارامترها می‌باشد. در واسنجی و تحلیل عدم قطعیت پارامترها از روش GLUE نسبت به تابع درست‌نمایی ضریب راندمان نش ـ ‌ساتکلیف با آستانه 8/0 نشان داده که به‌طور میانگین توزیع پسین پارامترهای عامل مقاومت در برابر جریان، ظرفیت آب ناحیه ریشه و ضریب کشت گیاه نسبت به توزیع پیشین آن‌ها کوچک‌تر شده‌ است. از طرفی به‌طور میانگین60 درصد داده‌های اندازه‌گیری شده رواناب در ایستگاه‌های هیدرومتری حوضه آبریز شاپور در محدوده اطمینان 95 درصد قرارگرفته است. ضخامت این بازه به صورت میانگین برای حوضه مذکور 03/0 است که نسبتاً کم و مطلوب است.